Die Initiative für das Internetangebot „Fischbestände Online“ geht auf den „Runden Tisch Nachhaltige Fischerei“ des Bundesministeriums für Ernährung und Landwirtschaft (BMEL, damals BMELV) zurück. Dessen Arbeitsgruppe „Herkunftsangaben für Fischereierzeugnisse“ entwickelte nach der genaueren Definition von Fisch-Fanggebieten Ende 2008 die Idee, eine Internet-Datenbank zur Darstellung der Bestandssituation kommerziell genutzter Seefischbestände aufzubauen. Zum Zustand von für den deutschen Markt wichtigen Seefischbeständen und den eine nachhaltige Nutzung beeinflussenden Faktoren lag zu diesem Zeitpunkt keine allgemeinverständliche, wissenschaftlich korrekte und öffentlich zugängliche Datensammlung in deutscher Sprache vor.
Der Bundesverband des Deutschen Lebensmittelhandels e.V. (BVLH) und der Bundesverband der deutschen Fischindustrie und des Fischgroßhandels e.V. (BVFi) beauftragten - unterstützt vom BMEL - im Januar 2010 das Thünen-Institut mit dem Aufbau dieser Datenbank. Zu den Auftraggebern gehörten 2013 bis Ende
Januar 2022 zusätzlich der deutsche Hochseefischerei-Verband e.V., der Verband der Deutschen Kutter- und Küstenfischerei e.V. sowie der Warenverein der Hamburger Börse e.V. In der aktuellen Projektphase (Feb. 2022 bis Jan. 2025) sind der Bundesverband des Deutschen Lebensmittelhandels e.V. (BVLH), das Fisch-Informationszentrum e.V. (FIZ), die Doggerbank Seefischerei GmbH, die Deutsche Fischfang-Union GmbH & Co. KG und die Erzeugergemeinschaft der Nord- und Ostseefischer, Cuxhaven Auftraggeber.
Der Runde Tisch des BMEL zur „Nachhaltigen Fischerei“ war durch Vertreter aus Bundesministerien, Bundesinstituten, Fischereiverwaltung, Verbänden, Unternehmen des Lebensmittelhandels und Umwelt- bzw. Verbraucher-Schutzorganisationen besetzt. Diese Organisationen haben an der Entstehung und Struktur von „Fischbestände Online“ in unterschiedlichem Maße mitgewirkt. Die inhaltliche Verantwortung liegt jedoch ausschließlich beim Thünen-Institut.
