Am 08. Dezember 2014 wurde Fischbestände Online mit dem Thünen-Preis der Gesellschaft der Freunde des Thünen-Instituts (GdF) ausgezeichnet. In diesem Jahr wurde der alle zwei Jahre ausgeschriebene Preis erstmals in der Kategorie „beste zielgruppenorientierte Arbeit“ verliehen, die „Fischbestände Online“ prompt gewann. Dr. Kristina Barz vom Thünen-Institut für Ostseefischerei, die das Angebot betreut, nahm den Preis im Rahmen eines Festaktes in Braunschweig entgegen.